西暦2205年。
歴史改変を目論む「 歴史修正主義者(れきししゅうせいしゅぎしゃ)」が過去への攻撃を開始した。
対峙する時の政府は歴史の守りとして「 審神者(さにわ)」なる者を過去へと派遣する。

物の心を 励起(れいき)する審神者の力によって生み出された、
刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士(とうけんだんし)」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。

ある日、彼らの本丸に新しい刀剣男士が顕現する。

不動行光──戦国武将・織田信長が佩用し、彼に仕えた近習・森蘭丸へと授けられることとなる一振りである。

不動行光は信長の愛刀であったことの誇りを顕わにするが、
同じく信長を元主とする宗三左文字、へし切長谷部、薬研藤四郎らとうまく噛み合わない。

近侍に任命された山姥切国広は、不動行光の参入により和の乱れた本丸を立て直そうと奔走する。

そのさなか、審神者より天正十年──織田信長が果てた歴史的事件「本能寺の変」へ出陣の命が下だるのだった。