はるか昔、神話の時代。戦いの女神・アテナを守るため、
おのれの肉体を駆使して戦う「聖闘士（セイント）」とよばれる少年たちがいた。
数々の困難を乗り越え、そのペガサスの聖闘士となった星矢は、
幼いころから知っている城戸沙織が数百年ぶりに現代に転生した
そのアテナであることを知ったのだった。
ある日、星矢達が街中で出会った花売りの少女・絵梨衣は、かつてアテナと戦い、
黄金のリンゴに封印されていた災いと混乱の女神・エリスの依り代となる運命の少女だった。
絵梨衣の肉体を得て蘇ったエリスは、アテナを倒し、地上を混乱の世界にするため、
沙織を攫う。しかも、ただ、アテナを倒すだけでなく、目の前で聖闘士たちを倒すことにより、
アテナに絶望と悲しみを与えようと画策し、
過去に命を落とした聖闘士たちをゴースト聖闘士として操り、星矢たちに戦いを挑む。
星矢、紫龍、氷河、瞬、そして弟の危機に駆けつけた一輝は、
沙織を助け、絵梨衣を取り戻すため、ゴースト聖闘士との死闘に臨むのだった。
沙織の聖闘士たちを信じる心と星矢たちの仲間を信じる心が、いま奇跡を呼ぶ―――。