僕らは立ちすくむ
悠久と終焉の白いはざまで

警察省警備局特別公安5係に所属するスパイたちは、その目指すべき死に様から、｢サクラ｣と呼ばれている。
国籍も戸籍も抹消された彼らには、唯一心を通わせることが許された魂の伴侶が与えられる。
それが、｢メサイア｣－－－。

卒業ミッションを目前に控えたサクラ候補生、有賀涼、加々美いつき。
彼らを非情な運命が襲う。

加々美は、サクラとして任務に就くために、敵方によって脳に埋め込まれたチップを取り出すことになる。
しかし摘出すれば、99％の確率で、直近の記憶を失うと宣告される。
深い絆を結んだメサイア、有賀との記憶も･･･。

一方、有賀には、かつて所属していた闇の組織、｢第三の闇(サード・ニグマ)｣が接近。
有賀の奪還を計画していることが明らかになる。

そして彼らに与えられる、驚愕の卒業ミッション。
｢ミッションは暗殺。ターゲットの名は－－－。｣